Після фактичної поразки росії у Першій чеченській війні, численні російські політичні кола, особливо військові, висловлювали невдоволення результатами Хасав’юртських угод, вважаючи, що «чеченську проблему» не вирішено, а тільки відкладено. Багато російських військових вважали такий стан речей ганебним і дотримувались думки, що приклад Чечні можуть наслідувати інші національні автономії у складі рф. Формальним приводом поновлення війни стала низка терористичних актів, коли в результаті чотирьох вибухів у Буйнакську 4 вересня, у Москві 9 та 13 вересня, і у Волгодонську 16 вересня 1999 року загинуло 307 осіб, понад 1700 дістали поранення різного ступеня тяжкості. Влада поклала відповідальність за них на північно-кавказькі терористичні групи, хоча незалежні дослідники доводили, що за організацією терактів стояла федеральна служба безпеки рф. Після вибухів росією прокотилася хвиля античеченських настроїв і нападів, у москві масово затримували чеченців. Другим ідеальним приводом для путіна, щоб показати свою силу як наступника Єльцина, став напад бойовиків на Дагестан. 7 серпня 1999 року 400 бойовиків під керівництвом польових командирів Ш. Басаєва і Хаттаба зненацька перейшли дагестано-чеченський кордон і захопили п’ять сіл Ботліхського району в Дагестані. Нападники діяли дуже злагоджено і професійно, насамперед знищували групи російських військових і місцеву адміністрацію й оголошували захоплені території «визволеними». 23-го серпня росіяни відновили контроль над захопленими дагестанськими територіям, а Басаєв вивів залишки своїх загонів на територію Чечні. Хоча достеменних свідчень того, що польових командирів через своїх агентів підбурювало керівництво російської фсб немає, через десять днів після вторгнення чеченських бойовиків у Дагестан путін з директора фсб став прем’єр-міністром рф і заявив, що Чечня є головним джерелом нестабільності біля російських кордонів.
23 вересня 1999 року Б. Єльцин підписав указ про створення спеціального військового угруповання для проведення «контртерористичної операції», а надвечір 30 вересня танкові підрозділи російської армії увійшли на територію Наурського і Шелковського районів Чечні з боку Дагестану та Ставропольського краю. Використовуючи артилерію та авіацію, росіяни до 16 жовтня зайняли третину республіки, а до грудня контролювали всю її рівнинну частину.
З весни 2000 року центр опору російським військам перемістився в гори, де розгорнулись активні партизанські дії. Тоді у боротьбі за контроль над Чечнею кремль зробив ставку на переманювання на свій бік відомих чеченців. Після того як президент Ічкерії А. Масхадов у березні 2000 року був усунутий від влади і очолив чеченський збройний опір, на чолі промосковської адміністрації Чечні став головний муфтій Ічкерії Ахмат Кадиров, який з початком російського вторгнення перейшов на бік федеральних військ.
Після вбивства у 2005 році спецпризначенцями фсб А. Масхадова і загибелі більшості польових командирів, активність партизанського протистояння в Чечні пішла на спад. Президентську посаду вбитого в результаті теракту Ахмата Кадирова у 2007 році зайняв його син Рамзан, який спрямував своїх прихильників на протидію партизанському опору. Таким чином путіну вдалося підмінити національну чеченську боротьбу за незалежність внутрішньоросійською боротьбою з терористичними угрупованнями.
Із 16 квітня 2009 року Друга чеченська війна вважається завершеною. За час її найактивнішої фази в 1999–2002 роках загинуло понад 6 тисяч російських і 16 тисяч чеченських військових та понад 125 тисяч мирних жителів. Тільки штурм Грозного 6 лютого 2000 року забрав життя близько 2,5 тисяч російських військових і кількох десятків тисяч цивільних, а саме місто було повністю зруйноване.
Отже, Друга чеченська кампанія дозволила відновити російський контроль над Чечнею. Але її головною метою стало відволікання уваги російського суспільства від переформатування кремлівської влади. Адже психологічний і політичний стан у російському суспільстві тих часів був вибухонебезпечним для влади та вимагав заміни хворого Єльцина, у якого не лишилося жодних політичних амбіцій. Тому і не дивно, що йому на зміну мав прийти молодий і рішучий директор фсб путін. Але для того, щоб закріпити свої позиції і прискорити формування суспільної думки на свою користь, путіну була потрібна маленька переможна війна, яку він і отримав. Саме спровоковані ним, як директором фсб, вибухи та рішення продовжити війну відволікли увагу громадськості, поки влада передавалася від Єльцина до путіна під гарантії убезпечити Єльцина та його родину від переслідувань. Тож тисячі загиблих і десятки тисяч поранених були покладені виключно заради того, щоб привести до влади одну людину. Так війна перетворила путіна у провідну політичну фігуру в росії, яка просуває загарбницькі наміри і сьогодні в Україні.
